第二次世界大戦が勃発してパリが陥落し、ヴィシー政権がドイツに降伏すると、シャルル・ド・ゴール将軍がロンドンに亡命して自由フランスを結成、フランスの政権中枢は二派に分かれた。
アルジェリア、セネガル、シリア、マダガスカル、インドシナなど主な植民地はヴィシー政権に忠誠を誓ったが、チャドなど赤道熱帯アフリカや南太平洋の植民地などは自由フランス支持を表明した。
インドシナは日本軍進駐を受け入れ、マダガスカルも日本軍進駐の計画があったため、英軍が上陸してヴィシー派の植民地政府を降伏させた。
シリアはイギリス・自由フランス連合軍が侵攻の末、自由フランス支配地域となり、1943年には独立を達成した。
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ド・ゴールの自由フランス軍はセネガルの首府ダカール攻撃(ダカール沖海戦)も行ったが、これは失敗した。1942年末連合軍が北アフリカに上陸するとアルジェリアにはフランス国民解放委員会が設けられ、アフリカの植民地は自由フランス側に結集するようになった。
第二次世界大戦中占領されたフランス植民地は1945年に返還されたが、インドシナでは終戦後直ちに民族独立闘争が起き、フランスは泥沼の第一次インドシナ戦争にはまり込んで行く。結局戦争はフランスの敗北に終わり、1954年にはインドシナから撤退したが、次にはフランスの主要な植民地であるアルジェリアで独立戦争が起った。